1. El chico nuevo
Con la llegada de un nuevo agente con un sexto sentido al almacén, una obra mortal de William Shakespeare y el hacer volver a Myka, Pete tendrá que soportar lo que le espera. Myka tiene la oportunidad de dialogar con H.G. Wells gracias a la proyección holográfica de conciencia facilitada por la Señora Irene.
2. Pruebas
Pete y Myka son enviados a investigar la enfermedad de dos personas que parecen caer rápidamente en una regresión a la infancia, a raíz del uso de un artefacto de Walter Winchell; mientras, Artie envía a Claudia y Jinks a una subasta para comprar el cuchillo de la fiebre tifoidea, un artefacto que puede pasar cualquier enfermedad de una persona a otra.
3. Amor enfermizo
Artie, junto a Claudia y la doctora Vanessa investigan un caso en donde la unión de un artefacto (que se relaciona con el mito judio del golem) mas un virus informático pueden poner en peligro la vida biológica; y al ser digital el origen, es llamado Hugo Miller para crear un antivirus, pero al llegar, Artie se ve envuelto en un triangulo amoroso entre los agentes "seniors" del almacén. Mientras, Pete y una Myka rubia despiertan desnudos (y sin recordar lo que ocurrió antes) en la cama de Artie; pensando lo peor, comienzan a reconstruir lo que ocurrió antes de entrar juntos a la cama... para darse cuenta de que Jinks fue dejado encerrado en algún sitio del almacén a causa de ellos.
4. Reina por un día
En su boda, la ex-esposa de Pete (Jeri Ryan) activa un peligroso artefacto que hace que quien la toque se convierta en su devoto esclavo. Mientras, Claudia y Jinks buscan la petaca de Ulysses S. Grant, la cual hace que que el portador crea que se encuentra en la guerra civil norteamericana.
5. 3...2...1
Debido a la búsqueda de la "trompeta de Josué", un peligroso artefacto que ha sido cazado por los anteriores almacenes y que ha comenzado a hacer estragos, Pete y Myka deberán pedir ayuda a H. G. Wells para poder detener el caos de ese elusivo artefacto.
6. No odies al jugador
En un nuevo crossover con Eureka, Douglas Fargo junto con otro socio se encuentran encerrados dentro de un videojuego inspirado en el almacén 13, que junto con el juego de té de Beatrix Potter, producen que sus miedos se vuelvan muy reales para ellos; por lo que Pete, Myka y Claudia deban intervenir. Mientras, Artie y Steve investigan junto a Stukowski un cuadro de Vicent Van Gogh que ha estado asociado a la muerte.
8. El piso 40
Varios regentes están desapareciendo.Artie y Myka se dirigen al lugar donde se encuentran otros regentes y su equipo de seguridad para convencerlos de evacuar, pues el edificio se está derrumbando debido al símbolo de la anarquía que fue pintado con aerosol. Mientras, Jinks detiene a Stukowski, la Señora Frederick aparece y usa la medalla de Shirō Ishii para torturar a la agente y extraer información sobre cómo detener la energía corrosiva que tiene a su equipo atrapado en el edificio. Para revertir el daño hecho al edificio Pete pinta el símbolo de paz. Antes de morir un regente hace la transferencia a la regente Jane.
9. Sombras
Claudia y Myka se dedican a investigar los casos de personas que están siendo fulminadas y descubren que todo se debe a unos vinoculares que observaron la explosión de la bomba de Hiroshima y fueron lanzados desde el Enola Gay. Mientras Pete ingresa junto con Jane a los recuerdos de su adolescencia, ayudados por la Señora Irene, y descubren que la maldad está relacionada con una manilla utilizada por Carlo Collodi el creador original de Pinocho.
10. Insaciable
Un tarro de masón del siglo XIX en un camión de tacos puede estar vinculado a un brote de zombis en Ithaca, Nueva York. Una máquina de adivinación tiene malas noticias para Claudia. Marcus tiene una propuesta para Steve Jinks.
11. Emily Lake
El equipo descubre a los nanoespías en el almacén. Claudia deduce que Sykes los ha implantado para hackear un archivo llamado Atlas 66. Pete y Myka encuentran a una mujer similar a H.G Wells dando clases en una escuela. Jane les revela cómo fue separada la conciencia del cuerpo de Wells, similar a la separación de los hemisferios cerebrales de Hugo, usando la moneda de Jano.
12. Estar
Pete y Myka viajan a Hong Kong siguiendo a Sykes y en busca del santuario. Dentro del santuario se genera un portal que comunica con el almacén 13. Claudia ocasiona la muerte definitiva de Marcus gracias a un Metrónomo que usará para dar vida a Jinks. El Almacén 13 es destruido y en consecuencia la señora Frederick. Artie se dispone a reconstruir el almacén con la ayuda de un reloj.
13. El regalo mas grande
Cuando Pete activa accidentalmente un artefacto en la Sección de Navidad, es transportado a un mundo donde no existe. Una vez allí, debe encontrar una manera de convencer a sus ex compañeros de equipo del almacén para ayudarle a derrotar a un viejo enemigo de los suyos, y volver a la realidad. Se hace referencia directa a la historia corta escrita por Philip Van Doren Stern, que fue adaptada en la película Qué bello es vivir. A la vez muestra cómo sería la vida de todos de no haber conocido a Pete.